长期以来，研究所与国内著名院校、科研机构、高端智库、非政府组织等各相关单位都保持着重要的合作关系。

在深化国际合作方面，研究所与国际上一些著名科研机构、专业院校、智库单位等开展了广泛和深入合作，包括麻省理工学院、哈佛大学、世界资源研究所、德国波茨坦气候影响研究所等。


例如，研究所与美国麻省理工学院的合作推动发起了“清华—麻省理工中国能源与气候变化研究项目”。

研究所与美国哈佛全球研究所共同开展全球碳定价研究。

在中法教育合作框架下，与法国著名高校开展能源领域高级硕士联合培养项目。