清华大学能源环境经济研究所创建于1980年，是依托清华大学核能与新能源技术研究院建立的校级研究机构，是中国高校中最早开展能源与应对气候变化研究的团队。研究所也是清华大学重点建设的智库机构之一和清华大学碳中和研究院气候治理与碳金融研究中心的主要依托单位。研究所与清华大学经济管理学院共建学校的国家重点学科管理科学与工程和教育部人文社会科学重点研究基地，拥有管理科学与工程博士点和博士后流动站。
研究所先后牵头承担包括国家“973”计划项目、国家自然科学基金重大项目、国家重点研发计划项目、国家社科基金重大项目在内的多项国家级应对气候变化项目，长期支持国家发改委、生态环境部、科技部、国家能源局、工信部、北京市的应对气候变化工作，是具有国际影响的全球气候治理智库。
研究所有全职教师21人。研究所曾获国家科技进步一等奖1项、二等奖2项，高等学校优秀研究成果奖（人文社会科学）一等奖1项。