清华大学能源环境经济研究所始创于1980年，是清华大学核能与新能源技术研究院和清华大学经济管理学院、清华大学公共管理学院共建的校级研究机构，是中国高校中最早开展能源与应对气候变化研究的团队，是全国高校中最早具有博士学位授予权的单位，拥有管理科学与工程博士点和博士后流动站，所属学科管理科学与工程是国家重点学科。
研究所先后牵头承担包括国家“973”计划项目、国家自然科学基金重大项目、国家重点研发计划项目、国家社科基金重大项目在内的多项国家级应对气候变化项目，长期支持国家发改委、生态环境部、国家能源局、工信部、北京市的应对气候变化工作，是具有国际影响的全球气候治理智库。
2000年以来，先后为国家提供重大政策咨询建议10余项，被有关政府部门采用；在Science、Nature Energy、Nature Climate Change等国际期刊上发表论文200余篇，共出版各种学术专著40多部。研究所曾获国家科技进步奖一等奖1项、二等奖2项，高等学校优秀研究成果奖（人文社会科学）一等奖1项。
先后共有近400名学子在研究所攻读博士或硕士学位，共有55名青年博士到这里开展博士后研究。
研究所有全职研究人员25人，博士研究生30余人，硕士10余人。